藥典收載的滅菌方法有濕熱滅菌、干熱滅菌、輻射滅菌、除菌過濾等，液體產品以最終滅菌方式采用濕熱滅菌則是理想的方法。
美國《藥品生產驗證指南》中提到了一個十分重要的觀點，這就是說，去驗證一個不合理的系統是沒有意義的。驗證的試驗是有限的，不應當將有限試驗數據拼湊成所謂的“驗證報告”，為一個設計不合理的系統或方法辯護，從而給產品和患者帶來風險。這一風險管理的理念，在歐盟的滅菌方法決策樹及注釋中得到了充分的體現。
在滅菌方式的選擇上，歐盟在藥品研發指南注釋附錄(CPMP/QWP/155/96)闡述的基本原則值得借鑒(參見圖3)。
考慮到產品的熱穩定性和受熱降解等實際情況，盡管不期望會有很多產品能夠采用121℃ 15分鐘的滅菌程序，但它的基本原則對液體產品滅菌方式的選擇有著重要的指導意義。
圖3：歐盟液體產品滅菌決策樹
除特殊情況外，對液體產品而言，滅菌程序是121℃ 12分鐘的程序(過度殺滅程序)，當產品的處方熱穩定無法采用這一程序時，則可采用F0≥8分鐘的程序。應當指出，過度殺滅法以殺滅微生物作為實現產品無菌的手段，對整個工藝的控制要求較低；而F0≥8的殘存概率法的工藝，將防止產品被耐熱菌污染放在首位，而不是依賴最終滅菌去消除微生物污染，因此，整個生產流程的工藝控制要求比較嚴格。
在產品不能采用以上二種程序而不得不采用其他手段時，可參照以上決策樹的程序，往下采用最終滅菌方式的替代方法，此時，應采用一切手段最大限度地減少產品滅菌前的生物負荷，按我國現行條件來說，即是采用無菌制造工藝，即便如此，應當理解，產品的無菌保證水平將大為降低。歐盟無菌藥品附錄第82款提到：就最終滅菌的產品而言，僅采用除菌過濾是不充分的。現行的滅菌法中，蒸汽滅菌應是首選的滅菌法。如果藥品不能最終滅菌，可用一孔徑為0.22um或更小的除菌過濾器…將藥液過濾…，但不能將病毒或支原體全部濾除。應考慮采用某種程度的熱力滅菌來彌補除菌過濾的不足。因此，一些實行流通蒸汽滅菌法的小容量注射劑，應參考無菌制造工藝的控制條件，并以流通蒸汽來彌補除菌過濾的不足，提高無菌保證的水平。
本指南認為，包裝材料熱穩定差不得成為采用無菌制造工藝的唯一理由。生產企業應當將選擇適用于某個特定處方的最佳滅菌方法放在首位，然后再考慮選擇相應的包裝材料。舉例來說，某類產品，只要有適當的充氮保護措施，產品完全可在121℃滅菌，達到F0大于12的結果，那么，就沒有理由因軟袋包裝不耐熱，而以除菌過濾和流通蒸汽滅菌法取而代之。
當然，也有因容器類型、給藥途徑和病人對產品的可接受性而選擇某一特定類型的容器(如某些眼科用藥)，而該容器無法經受最終熱力滅菌工藝，這種情況通常是可以接受的。在這些情況下，生產企業有責任繼續尋找可接受的替代容器，以便在條件成熟時，采用首選的最終滅菌法。
由于最終滅菌具有最高的無菌保證水平，因此，不得因商業原因而將本來可以采用最終滅菌F0≥8的工藝，以犧牲產品的無菌保證水平為代價，改成無菌制造工藝。
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